Vojska
Arhivsko gradivo vojne provenijencije u Hrvatskome državnom arhivu čini 95 % ukupne vojne dokumentacije u Republici Hrvatskoj i nezaobilazan je izvor za istraživanje hrvatske vojne i ratne povijesti. Dokumentacija vojnih ustanova i postrojbi u HDA sadržava oko 6850 knjiga i 7770 kutija spisa, odnosno oko 1000 dužnih metara za vremensko razdoblje od 16. stoljeća do 1990.
Vojna krajina
Najveću cjelinu čini sačuvano arhivsko gradivo iz razdoblja Vojne krajine: 2185 knjiga i 6046 kutija spisa oblikovanih u 40 arhivskih fondova. Najvažniji fondovi iz navedenoga razdoblja fondovi su graničarskih glavnih zapovjedništva, odnosno generalkomandi (od 16. stoljeća do 1869.), fondovi zapovjedništva tvrđava, vojnih komuniteta, graničarskih pukovnija i pukovnijskih sudova, te zbog svoje sačuvanosti fond graničarske satnije u Babinoj Gredi u sastavu Brodske graničarske pukovnije (jedna od 11 graničarskih pukovnija na teritoriju tadašnje Hrvatske i Slavonije), koji sadržava spise u količini od 20 dužnih metara za razdoblje od kraja 18. stoljeća do 1869.
Vojne postrojbe i ustanove do 1941.
Iz razdoblja Austro-Ugarske Monarhije (1868. – 1918.), tijekom usporedna postojanja zajedničke austrougarske vojske i ugarskoga domobranstva, sačuvano je 587 knjiga i 982 kutije spisa. Najopsežniji su fondovi toga razdoblja Generalkomanda, odnosno 13. zbor u Zagrebu (1869. – 1918.), Lučki admiralat u Puli (1852. – 1918.) i fondovi divizija zajedničke austrougarske vojske na teritoriju Hrvatske. Dokumentacija nastala djelovanjem Lučkoga admiralata pristigla je u HDA restitucijom iz Republike Austrije 90-ih godina 20. stoljeća. Lučki admiralat postaje 1864. godine zapovjedništvo i luka austrijske, odnosno austrougarske ratne mornarice. U njegovoj su nadležnosti bile sve ustanove, skladišta, oružarnice, tvrđave i vojarne pomorskoga pješaštva, ukupno osoblje ratne mornarice te u gospodarskome i upravnome pogledu riječna flotila na Dunavu i njegovim pritokama. Arhivsko gradivo Admiralata u potpunosti je sačuvano za razdoblje od 1864. do 1880., a fragmentarno do 1885., dok je serija Dnevne zapovjedi sačuvana do 1918. godine. Od vojnih se postrojbi i ustanova između dvaju svjetskih ratova u HDA čuvaju fondovi Vojni sud Narodnoga vijeća Države Slovenaca, Hrvata i Srba i Savska divizijska oblast.
Vojne postrojbe i ustanove od 1941. do 1945.
Treću veliku cjelinu čini sačuvana dokumentacija iz razdoblja Drugoga svjetskog rata koja obuhvaća 55 knjiga i 300 kutija spisa. Uglavnom je to dokumentacija Oružanih snaga Nezavisne Države Hrvatske (ORS NDH). U toj cjelini najopsežniji je fond Ministarstva oružanih snaga NDH (MINORS NDH) s dvjema velikim serijama zapisa: Dnevna izvješća Glavnoga stožera za razdoblje od 1941. do 1945. i Mirovinski odjel. Fond Zapovjedništva vojnoga zrakoplovstva NDH sadržava i cjelovitu seriju Zapovijedi od 1941. do 1945. kao i dnevnike letenja pojedinih zrakoplovnih jata. Najsačuvaniju i najopsežniju dokumentaciju sadržavaju fondovi postrojbi smještenih u jugoistočnome dijelu NDH: Jadransko divizijsko područje, odnosno Šesta pješačka divizija te oružnička krilna zapovjedništva u Dubrovniku i Bileći.
Trideset fondova nastalih djelovanjem Narodnooslobodilačke vojske i partizanskih odreda Hrvatske (NOV i POH), tek su djelomično sačuvani i ukupno sadržavaju 35 kutija spisa, odnosno 3,5 dužna metra.
Izvorni dokumenti nastali djelovanjem Oružanih snaga Nezavisne Države Hrvatske, Narodnooslobodilačke vojske i partizanskih odreda Hrvatske pohranjeni su i u Zbirci zapisa upravnih i vojnih vlasti Nezavisne Države Hrvatske i Narodnooslobodilačkoga pokreta.
Vojne postrojbe i ustanove od 1945. do 1991.
Gradivo iz razdoblja Socijalističke Federativne Republike Jugoslavije oblikovano je u dvjema cjelinama s oko 4400 knjiga i 600 kutija spisa. Prva je od njih Jugoslavenska narodna armija (JNA), koja obuhvaća sljedeće fondove: Vojna uprava Jugoslavenske armije Slobodnoga teritorija Trsta, Sud Vojne uprave Jugoslavenske armije za Julijsku krajinu, Istru, Rijeku i Slovensko primorje, Stegovni tužitelj pri sudu časti vojne pošte 1768. u Zagrebu, Zapovjedništvo 5. vojne oblasti JNA te Vojnopomorska oblast JNA, dok drugu cjelina obuhvaća gradivo Stožera Teritorijalne obrane.
Posebnu cjelinu izvora za hrvatsku vojnu i ratnu povijest čine tiskovine i publikacije ustanova oružanih snaga koje se nalaze u Knjižnici HDA, kartografska i zbirka fotografija te pojedini fondovi i zbirke civilnih ustanova i pojedinaca u kojima se može pronaći dokumentacija povezana s vojnom poviješću.