Uprava do 1848.
Hrvatski državni arhiv čuva gradivo nastalo djelatnošću središnjih ustanova upravne vlasti, među kojima se ističe gradivo Hrvatskoga sabora (u ranom novome vijeku nazivana Sabor Kraljevina Dalmacije, Hrvatske i Slavonije), čije je gradivo sačuvano u kontinuitetu od polovine 16. stoljeća do 1921. te gradivo Banske kancelarije. No, potrebno je još navesti gradivo prabilježnika (saborskoga i banskoga tajnika), blagajnika (koji je bio zadužen za ubiranje poreza) te gradivo Kraljevinskih konferencija (posebne ustanove koja se sastajala u nemogućnosti sazivanja Sabora radi rješavanja hitnih pitanja, najčešće obrane Domovine). U 18. stoljeću djelovala je ustanova koja se može smatrati prvom hrvatskom vladom – Hrvatsko kraljevsko vijeće, čije se gradivo također čuva u Hrvatskome državnom arhivu i čiju su djelatnost polovinom 19. stoljeća nastavile ustanove Banskoga vijeća, Banske vlade, Namjesništva i Namjesničkoga vijeća. Gradivo novovjekovnih županija (Križevačka, Požeška, Severinska, Srijemska, Varaždinska, Virovitička i Zagrebačka), nastalo do upravne reforme 1850., također je nezamjenjiv povijesni izvor za proučavanje prošlosti na lokalnoj razini. Njega upotpunjuje gradivo povlaštenih trgovišta i plemenitih općina (posebice gradivo Plemenite općine Turopolje, čije je gradivo sačuvano od 1228. do 1947.).
Uprava od 1848. do 1918.
U Hrvatskome državnom arhivu čuva se i gradivo nastalo djelatnošću središnjih tijela uprave u Budimpešti i Beču koje je restitucijom preuzeto u HDA. Tako je iz Beča preuzeto gradivo ministarstava: bogoštovlja i nastave, financija, pravosuđa, unutarnjih poslova, trgovine, obrta i javnih građevina, poljoprivrede, prometa, kao i gradivo Hrvatske dvorske kancelarije. Iz Budimpešte je preuzeto gradivo Ugarskoga namjesničkog vijeća, palatinskih spisa te gradiva Ugarske dvorske komore (ustanove zadužene za upravljanjem dobara u kraljevskome fisku).
Iznimno je dobro sačuvano gradivo Zemaljske vlade (1869. – 1921.) opsega preko 1000 dužnih metara, koje je raspoređeno u fondove Predsjedništva, Odjela za unutarnje poslove, Odjela za bogoštovlje i nastavu, Odjela za pravosuđe, Odjela za narodno gospodarstvo, Odjela za zdravstvo i Povjereništva za socijalnu skrb. U Arhivu se čuvaju i fondovi Vladinih pomoćnih ureda (primjerice Zemaljska blagajna, Računarski ured). Tu su i zemaljska povjerenstva, upraviteljstva i ravnateljstva, među kojima ističemo Zemljorasteretno ravnateljstvo u Zagrebu, zemaljsko i županijska komasacijska povjerenstva kao i Kraljevsko rudarsko satništvo. Iz razdoblja nakon 1848. županijsku upravu čini vrijedno gradivo županija i podžupanija, koje su formalno ukinute 1922. na temelju Uredbe o podjeli zemlje na oblasti, formalno provedene tek 1924. Sačuvano je gradivo Ličko-krbavske, Modruško-riječke, Riječke, Srijemske, Varaždinske, Virovitičke i Zagrebačke županije.
Uprava od 1918. do 1941.
Fond Narodnoga vijeća SHS (1918. – 1919.), iako sačuvan samo djelomično, prvorazredan je izvor za povijest Države Slovenaca, Hrvata i Srba stvorene nakon raspada Austro-Ugarske Monarhije 1918. Od ostalih fondova iz toga razdoblja u HDA se u cjelini čuva gradivo Pokrajinske uprave za Hrvatsku i Slavoniju u Zagrebu, osnovane u srpnju 1921. kao provizorij do osnutka oblasti. Hrvatski državni arhiv čuva i desetak fondova odjeljenja, direkcija, inspektorata, delegacija i povjereništava, koji su nakon 1918. u Zagrebu bili svojevrsne ispostave ministarstava u Beogradu (za resor financija, agrarnih poslova, šumarstva i rudarstva, građevine, pravde, zdravstva te željeznica).
Gradivo četiriju oblasti (Osječka, Primorsko-krajiška, Srijemska i Zagrebačka), iako necjelovito sačuvano, po svojoj vrijednosti ima šire značenje od teritorija za koje su oblasti bile nadležne jer su u čitavome razdoblju od 1924. do 1929. i uspostave banovina bile najviši upravni organi na području Hrvatske, nakon ministarstva Kraljevine SHS i njihovih ispostava.
U HDA se čuva cjelokupno gradivo kraljevske banske uprave Savske banovine iz razdoblja od 1929. do 1939. kao i gradivo nastalo djelovanjem banske vlasti Banovine Hrvatske iz razdoblja od 1939. do 1941. i njoj podređenih organa uprave. Gradivo iz banovinskoga razdoblja raspoređeno je u fondove kabineta bana te prema resorima (npr. unutarnjih poslova, državne zaštite, poljoprivrede, prosvjete, zdravstva, financija, industrije, obrta i trgovine). Također treba spomenuti i vrijedne fondove Savske financijske direkcije i Iseljeničkoga komesarijata u Zagrebu, ali i one okružnih inspektorata, pratećih ureda, ravnateljstava i komisija.
Uprava od 1941. do 1945.
Arhivski fondovi uprave iz razdoblja od 1941. do 1945. nastali su radom tijela vlasti partizanske antifašističke Hrvatske i organa uprave Nezavisne Države Hrvatske. Osobito su vrijedni fondovi Zemaljskoga antifašističkog vijeća narodnoga oslobođenja Hrvatske (ZAVNOH–a), i Odjeljenja zaštite naroda za Hrvatsku (OZNA). Gradivo nižih organa vlasti, oblasnih i okružnih te kotarskih, općinskih i mjesnih narodnooslobodilačkih odbora zastupljeno je fragmentarno, a sređeno prema teritorijalnoj nadležnosti oblasti i okruga.
Gradivo tijela uprave Nezavisne Države Hrvatske najvećim se djelom čuva u Hrvatskome državnom arhivu. Riječ je o fondovima Hrvatskoga državnog sabora, ministarstava NDH (narodne prosvjete, pravosuđa i bogoštovlja, unutarnjih poslova, seljačkoga gospodarstva, državne riznice, prometa i javnih radova, šumarstva i rudarstva, obrta, veleobrta i trgovine, zdravstva i udružbe i sl.). Zasebne su cjeline i arhivski fondovi državnih i glavnih ravnateljstava, Hrvatska izvještajna služba pri Predsjedništvu vlade, Ured za podržavljeni imetak (tzv. PONOVA), Rizničko upraviteljstvo te zavodi za kolonizaciju. Sačuvano je i gradivo predstavništava u inozemstvu (poslanstva, konzulati), velikih župa (koje je, izuzev gradiva Velike župe Zagorje, sačuvano fragmentarno) te komasacijskih povjerenstava. Uz njih su zastupljena, iako necjelovito sačuvana, i tijela ustaškoga pokreta (Ustaška nadzorna služba, HOP "Ustaša", Ravnateljstvo ustaškoga redarstva).
Iz razdoblja se Drugoga svjetskog rata u HDA čuva i gradivo okupacijskih vlasti u fondovima i zbirkama Hans Helm, Vlada za Dalmaciju, Zbirka gradiva talijanskih okupacijskih vlasti te Kraljevsko poslanstvo Italije u Zagrebu.
Uprava od 1945. do 1990.
Gradivo socijalističkoga razdoblja prilično je neistraženo i istraživačima postaje sve zanimljivijim. Iz razdoblja od III. zasjedanja ZAVNOH-a 1944. do Ustavnoga zakona 1953. Hrvatski državni arhiv čuva gradivo središnjih državnih tijela: Sabora, Prezidijuma Sabora i Predsjedništva Vlade NRH te resornih ministarstava, odnosno savjeta. Centralizacijom političkih i gospodarskih funkcija ustanovljene su Komisija državne kontrole, Planska komisija te velik broj specijaliziranih upravnih tijela u formi glavnih, odnosno generalnih direkcija, uprava, komisija i komiteta.
Ustavnim zakonom iz 1953. godine započinje izvjesna decentralizacija poslova od federacije na republike. Umjesto Vlade osniva se Izvršno vijeće Sabora, čije gradivo se čuva u HDA, uključujući brojne komisije i tijela u njegovu sastavu. Uvode se državni sekretarijati, sekretarijati izvršnoga vijeća i republički savjeti. Resorna područja nakon Ustava 1963. preuzimaju republički sekretarijati, republičke komisije i zavodi, dok Ustav iz 1974. godine uvodi instituciju Predsjedništva SRH, kao i instituciju Savjeta Republike. Pored gradiva većine upravnih tijela iz navedenoga razdoblja, najvećim je dijelom preuzeto i gradivo Sabora SRH.
Za čitavo razdoblje od 1945. do 1990. u zasebnim je fondovima objedinjeno gradivo, primjerice Službe državne sigurnosti RSUP-a SRH, sljednice UDBA-e, Komisije za odnose s vjerskim zajednicama, Odjela za izvršenje krivičnih i prekršajnih sankcija (s gradivom dviju kaznionica: Goli otok i Stara Gradiška), Zavoda za statistiku, Republičke izborne komisije i sl.
Uprava od 1990.
Iz razdoblja nakon 1990. gradivo je uglavnom u nadležnim pismohranama, a dio gradiva povezanoga s Domovinskim ratom pohranjeno je u Hrvatskome državnom arhivu (Državna komisija za popis i procjenu ratne štete, Hrvatski ured pri Promatračkoj misiji Europske zajednice). Iz toga se razdoblja, kao važna cjelina u Arhivu, čuva fond Ureda predsjednika dr. Franje Tuđmana kao i dio gradiva Ureda predsjednika Stjepana Mesića.